Fahrner ist Autodidakt aus Überzeugung, erwähnt jedoch Zeier, Herz und Brauner, welche sowohl menschlich als auch künstlerisch prägend für seine Entwicklung gewesen seien.

1958 heiratet er Ingrid Frederiksen. 1959 kommt er mit ihr und seiner Tochter nach Basel zurück.

Fahrner präsentiert in der Folge ähnlich der Happenings in Greenwich Village (NY) im April 1959 auf der Klagemauer das Gemälde «Bild einer gekreuzigten Frau unserer Zeit». Die Konfiskation des Werkes und die Einleitung eines Strafverfahrens sind die Konsequenz. Eine hitzige öffentliche Debatte über Religions- und Pressefreiheit bricht los. Das Verfahren endet 1960 vorerst mit der Konfiskation und der Verurteilung wegen Störung der Glaubens- und Kultusfreiheit.

Erst 1980 (nach seinem Tod) wird die Konfiskation durch das Appellationsgericht (Basel), aufgehoben und das Bild der Familie zurück gegeben.

1960 bis 1962 lebt Fahrner in Aarhus (DK) als Folge dieses Urteils.

In Dänemark kann sich Fahrner nicht einleben, er kehrt daher 1963 nach Basel zurück.

Rolf Hochhuts «Der Stellvertreter» provoziert einen Schweigemarsch junger Christen. Fahrner organisiert eine Gegendemonstration auf seinem Transparent steht: «Freiheit für die Kunst».

1964, 1965 und 1967 erhält er das Eidgenössische Kunststipendium, 1964 den europa-prijs voor schilderkunst, (Ostende).

Der direkte Austausch zwischen Bildender Kunst, Politik, Musik, Literatur, Tanz und Theater ist ihm ein Anliegen. 1965 eröffnet Fahrner daher mit Freunden in einer zum Abbruch bestimmten Villa an der Missionsstrasse ein solches Zentrum. An der Vernissage guillotiniert Fahrner die lebensgrosse Puppe «Shinto Bérénice». Die «Spectro-Machie» an der Austrasse, ein ähnliches Projekt, öffnet 1969.

Ab 1967 arbeitet Fahrner im Atelierhaus Kaserne. Im selben Jahr erhält er eine Einladung zur 5é Biennale de Paris.

1967 und 1968 bleiben einige Künstler bei der regelmässig stattfindenen Weihnachtsausstellung unberücksichtigt. Daraufhin organisiert er mit Jörg Schulthess, Josef Duvanel, Corsin Fontana, Bruno Schwartz, Walter Wegmüller, Werner Ritter und Carlo Aloe eine Gegenausstellung. Weil die Ausstellung im Restaurant Farnsburg stattfindet nennen sie sich Farnsburggruppe. Auch diese Aktion hat etliche Artikel in der Presse zur Folge, sogar die Bezeichnung «Neue Basler Sezessionisten» fällt.

1969, 1970 und 1977 erhält er ein Stipendium der Stadt Basel.

1969 gewinnt er den Wettbewerb der Kunstkreditkommission zur Gestaltung des Kassagebäudes des Sportplatzes Schützenmatte in Basel. Der Regierungsrat lehnt die Ausführung des prämierten Entwurfs ab, da Sportlerkreise (Georg Eichenberger) mit der Zerstörung drohen. In einem Vortrag kritisiert Fahrner diese Haltung scharf.

1972 reist er nach Diss (GB) und Benauge (FR). Er malt auf diesen Reisen viel.

Im Oktober 1972 entwendet er sein dem Progressiven Museum überlassenes Bild, denn die Schliessung würde die Bilder vermutlich in Privatbesitz überführt haben.

1973 reist er nach Tunesien, dort malt und zeichnet er zwei Serien von Bildern mit abstrakten Motiven und Beduinenfrauen.

1976 reinigt Fahrner mit Freunden (u.a. Niggi Hasenböhler) symbolisch, die von Vandalen verschmierte Plastik Michael Grosserts auf der Heuwaage.

1977 beginnt Fahrner mit der Umsetzung des in den 60er Jahre entworfenen Prometheamotivs, einer Figur, welche den Menschen die Schönheit, Liebe und Erotik bringt und dafür bestraft wird. Einflussreiche Frauenfiguren, welche Kultur und Politik prägen sind für ihn Ausgangspunkt für diese Arbeit. Die Recherchen zur Kaiserin Elisabeth, führen ihn daher nach Korfu. Zeichnungen von Elisabeth und Statuen im Achilleion sind erste Schritte zum geplanten plastischen Figurenspiel.

Am 13. September 1977 stirbt Kurt Fahrner mit 45 Jahren an einem Herzinfarkt in Basel.
In einem Leserbrief mit dem Titel «ein Plädoyer» setzt Kurt Fahrner sich für die Feuerstätte von Josef Beuys ein. Wenige Tage nach seinem Tod wird dieser Leserbrief in der Basler Zeitung publiziert.